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建立從酵素、細胞、受體、組織、器官或動物等模式做為中藥新藥開發之篩選測試平台。

中草藥新藥開發之首務為從成分複雜且多元化中草藥，不乏多種化學特性極為相似中草藥成分，有效率地篩選出關鍵有效成分。本中心提供成熟的分離與純化技術與設備，可依使用者需求，進一步討論需篩選出所需分離出之有效物質。

經分離純化後的中草藥萃取物，需再進一步鑑定該中草藥分子是否為何種物質與可能的結構。本中心提供多種分子儀器鑑定服務，並結合另一項本中心所提供的技術服務中草藥化學指紋圖譜分析，以專業、精確、科學的鑑定方式，並將所有所鑑定的中草藥篩選分子匯入台灣藥物樣品資料庫。未來可利用該資料庫，與合作者進一步討論可合作的藥物開發合作案。

本中心提供臨床前的細胞實驗測試、微生物學試驗、動物實驗模式，以測試分離出的中草藥藥物之最佳藥性劑量。本中心亦提供多種中草藥功效性報告，可供合作者選擇所需服務之科學報告。

中草藥分離萃取的原料藥，常因極富毒性，而造成無法予藥物主管機關判定為核可的安全性藥物。毒理性測試常為中草藥藥物開發過程中，是否能進一步進入臨床實驗的重要指標。本中心能提供完整的動物毒理性測試，以供合作者完整的毒理性評估報告。

臨床實驗需要與醫生協議通過人體試驗暨研究倫理委員會方能進行臨床試驗評估測試。因此，本中心會協助使用者進行完臨床前的實驗評估或檢視所有臨床前的所以附的法定實驗報告，再與本中心合作的醫生媒合，以進行相關的臨床試驗。

配合活性篩選平台，從中草藥中以生物活性導引分離出真正活性成分並完成其結構之鑑定，一方面對中醫藥單味或複方製劑提供科學佐證，另一方面可做為新藥開發之先導物，發展新藥。

由上述的研究內容之規劃，原則上可達成：

1. 抗癌藥物或輔助藥
2. 抗發炎藥物
3. 代謝疾病用藥

本中心提供多種生物資訊分析方法，包含分子對接計算(Molecular Docking)、分子模擬(Molecular Modeling)、電腦虛擬篩選(Virtual Screening)及定量結構活性關係計算(QSAR)等服務技術，並搭配國家高速網路與計算中心提供之軟硬體設備，進行相關模擬計算。

本中心可運用多種小分子對接計算軟體，例如:AutoDock、iGEMDOCK、GOLD等軟體進行小分子與蛋白質活化位之間的對接計算，搭配基因演算法或拉馬克基因演算法作為搜尋化合物形態的方法，並以分子模擬方法(Molecular Modeling)進一步了解其相互之間的交互作用力大小，作用力關係及其作用的距離。

本中心可運用多種小分子對接計算軟體，藉由對接計算方法針對特定蛋白質的活化位進行電腦虛擬篩選，從小分子資料庫中針對特定蛋白質的活化位篩選出有影響潛力的小分子。

3D QSAR為以小分子為基礎建立之結構與活性關係之模型。CoMFA及CoMSIA模型可以提供小分子在模擬力場上的狀態，供新藥開發研究者進一步資訊，以修飾小分子成最佳優化之潛力藥物。