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醫學的發展有賴於優質的學術研究環境，本院擁有最精良的研究儀器設備與最具創新能力的研究群，長期默默投入基礎與臨床研究的工作領域，近年來在同仁的努力之下，已展現出許多優異的學術研究成果。

近三年投入創新研發成果優異發表在國際知名期刊。SCI、SSCI論文呈現飛躍性的提昇（如表1），近三年研究表現，發表於期刊分數30分以上論文4篇，10到30分23篇；期刊領域排名前10以上804篇。

表1、近三年論文發表情形

本院近三年執行創新研發計畫，件數每年數量及經費均有正成長。在全國激烈競爭中，獲得衛生福利部第二期癌症研究計畫及提升臨床試驗創新及競爭力計畫，三年經費共超過1.8億元，是少數醫院同時獲得兩個計畫補助，且成績名列前茅， 建構全國最佳轉譯醫學與臨床試驗平台。科技部及國衛院補助計畫中以下列領域最傑出：1.腫瘤與免疫：腫瘤發展、轉移與抗藥性機制；2.神經精神領域：中風及大腦損傷機制，憂鬱症及精神分裂治療；3.臨床疾病：遺傳、心、肝、腎疾病致病機轉；4.生醫材料：奈米醫學與核醫影像；5.細胞治療：幹細胞(癌症幹細胞、間質幹細胞)及免疫細胞機制研究；6.中藥、新藥研發；7.大數據資料庫及精準醫療皆有卓越成績對醫療具相當貢獻。

過去台灣學術研究在只重「量」而不重「質」的制度裡，拼命努力發表許多論文，這對台灣初期學術界的發展自有其貢獻，但也產生粗製濫造的後遺症。因此，未來我們必須揚棄論文數量的迷失，要在質優的論文方面大力提昇，共同帶引台灣以追求學術之卓越。