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包含組織病理切片診斷、冰凍切片診斷、一級組織化學染色、免疫組織染色、免疫螢光染色、螢光原位雜交染色 (FISH)、分子病理診斷、電子顯微鏡檢查、子宮頸抹片篩檢、非婦科細胞學檢查、薄層抹片檢等高品質符合標準化之業務。

本部提供全天候冰凍切片服務。手術中進行冰凍切片檢查是一項特殊的臨床緊急會診；此一檢查是在手術中將病灶組織取出，迅速冷凍後製成切片，立即進行病理學觀察與快速診斷。此乃屬於一種暫時性的病理報告，主要目的是提供手術醫生當下決定手術方式或範圍的參考意見。冰凍切片檢查後的剩餘組織，仍需續進行常規切片及染色，而發出正式的病理報告，才是最終的病理診斷。

冰凍切片因術中選取組織標本差異、組織受冰凍後可能導致變形、過硬或過軟以致於切片不完整、切片較厚造成染色品質不如常規石蠟切片，又無法加做輔助染色檢查幫助判斷，在時間緊迫缺乏完整臨床資訊等背景下，冰凍切片的診斷品質可能達不到“石蠟切片”的精確水準；是以冰凍切片診斷和常規病理切片的最終診斷，會有一定程度偏差(不一致)的可能。

根據抗體與抗原特異結合的原理來檢測組織切片中的抗原，藉以確定細胞種類、來源，獲得適切之診斷。

將已知的抗體或抗原分子標誌上特殊螢光素，再與其相對應的抗原或抗體起反應，因而檢測出螢光反應位置。目前大量使用用於某些腎臟及皮膚自體免疫疾病的診斷。

用來檢測基因體上面特定核苷酸序列的存在，亦可藉由檢測信使RNA（mRNA）的表現量來觀測基因的表現。 FISH技術提供了基因表現定量與分佈的檢測方式，並能以視覺化的方式被觀察。目前大量應用在乳癌HER2基因的檢測。

以基因檢測來找到「生物標記」或「疾病標記」不僅可做為診斷的參考，還具有預測藥物療效及預後的功能。我們可依據基因檢測結果，評估病人對標靶藥物的感受性，而給予最適當的藥物治療。 以下列出本部經常性提供的分子病理檢測項目

KRAS 是 EGFR 訊息傳遞路徑下游的激脢，在許多癌症的腫瘤組織當中都發現 KRAS 出現突變的情形。由於 KRAS 突變會導致 KRAS 沒有辦法受到正常的控制而持續活化，因此導致癌細胞不受控制而過度的增生，在這種情況下，如果使用 Cetuximab (Erbitux) 去抑制上游的 EGFR，並不會達到抑制腫瘤生長的目的。對於即將要接受 Cetuximab(抑制 EGFR 的標靶藥) 藥物治療的大腸直腸癌患者，應該先檢測大腸直腸腫瘤組織當中是否存在 KRAS 突變，來篩選出治療效果比較好的患者。

肺癌治療前檢測 EGFR 基因是否有突變，以配合標靶藥物 IRRESA 抗癌藥物的治療。研究發現，Iressa 對於 EGFR 有突變的病患較具療效。另外也可利用螢光原位雜交(FISH) 方法，檢測肺癌ALK 基因是否和EML4 基因產生錯位，以作為使用癌症標靶藥物之參考依據。

確定乳癌 HER2 狀態的重要性在於瞭解癌症可能的侵略性，並找出可以用於治療疾病的HER2 標靶藥物。

胃腸基質瘤 (gastrointestinal stromal tumor; GIST) 是腸胃道最常見的惡性間質 (mesenchymal) 腫瘤。GIST 的基因檢測不僅可做為診斷的參考，還具有預測藥物療效及預後的功能。可依據基因檢測結果， 評估病人對標靶藥物的感受性，而給予最適當的藥物治療。

BRAF抑制劑治療黑色素瘤的有效性已經公認。BRAF突變是黑色素瘤中最常見的突變，其中８０％～９０％的BRAF突變位於第600位密碼子，原有纈氨酸被谷氨酸取代，通常標記為BRAF V600E，第二種最常見的突變形式是BRAF V600K（賴氨酸取代纈氨酸），因此，病理分子檢測中主要針對BRAF V600E和V600K。

在臨床研究上, 抗PD1(Antibodies against programmed death 1 (PD-1) protein)療法對於治療晚期癌症的成效, 目前研究統計抗PD-11療法對於非小細胞肺癌, 黑色素細胞癌, 和腎細胞…等癌都有療效。