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世界衛生組織曾做調查，中國大陸某區因為長年出產棉籽油，該地男性不孕症機率是全國之冠，因而懷疑是當地民眾因食入不純棉籽油 （含棉酚），造成精蟲活動力不足所致 。

棉籽油為美國消費量第三大的食用油。

棉籽油比起其他植物油，含有較高的飽和脂肪酸，稍嫌不健康 。此外，棉籽油中的天然毒素「棉酚」會在提煉過程中除去，一般合法精煉製作棉籽油未有明顯的「棉酚」殘留，「棉酚」含量為應在 0.1-0.2% 之下。

棉酚具生殖毒性，導致男性睪丸萎縮、精蟲數量及活動力減少；女性經期混亂、子宮縮小、卵巢萎縮。雖然現在的油脂純化技術可去除大部分的棉酚，但多少還會殘留。

1970、80 年代，中國大陸、非洲、巴西等國，曾用「棉酚」作為男性避孕藥，但到了 1998 年世界衛生組織認為「棉酚」用於男性避孕會造成不可逆現象，就算停用也無法回復精蟲數量，因此禁用「棉酚」。

另外， 問題油品也非法或不當添加銅葉綠素，中國醫藥大學附設醫院急診毒物科主任洪東榮指出，過量食用該添加物恐造成體內銅蓄積的問題，加重肝腎負擔，也可能造肝硬化。